Während des frühen Mittelalters bestand Ilanz aus zwei Siedlungsteilen. Etwas oberhalb der Rheinebene, auf einer Terrasse bei der Kirche St. Martin, lag Ober-Ilanz. Hier muss die früheste Ansiedlung von Ilanz gewesen sein. Der Kunsthistoriker Erwin Poeschel nimmt an, dass die Grundmauern der St.-Martins-Kirche um das Jahr 1000 errichtet worden sind.
Dann aber entwickelte sich in Unter-Ilanz das heutige Städtli. Unter-Ilanz bestand vorerst aus dem Hof des Klosters Disentis und der Kapelle St. Maria / Margaretha. In der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts gewann dann das Städtli an Bedeutung. Grund dafür könnte der Bau einer Brücke gewesen sein. In Dokumenten im Stadtarchiv Ilanz, die um 1300 datieren, wird Ilanz als Stadt mit Ringmauern und Toren bezeichnet.
Auf der linken Rheinseite entstand der neue Stadtteil Sontga Clau. Der Schutzpatron Nikolaus weist auf den Flussübergang hin. Der Rhein hatte noch nicht sein gemauertes Flussbett wie heute und breitete sich von St. Nikolaus bis hinüber zu den Stadtmauern aus.
