Ein für die Reformation im Kanton Graubünden äusserst bedeutungsvolles Ereignis fand mit den Ilanzer Disputationen in der Kirche St. Margrethen statt. Die katholische Kirche hatte den umtriebigen reformierten Churer Prediger Commander kalt stellen wollen und ihn vor dem Bundestag verklagt. Der Bundestag ging aber nicht auf die Wünsche der Kirche ein. Er akzeptierte den Vorschlag Commanders, man solle doch die unterschiedlichen Auffassungen der katholischen und reformierten Seite an einer Disputation (Erörterung) auslegen und beurteilen.
Die katholische Seite zeigte sich in der Folge nicht mehr sehr kooperativ und versuchte, die Tagung, die am 7. Januar 1526 in Ilanz begann, mit allen Mitteln hinauszuzögern. Commander zeigte sich als sehr redegewandt und hatte die fortschrittlicheren Argumente. Die Versammlung kam zu keinem Schluss und damit auch zu keinem Rechtsspruch und zu keiner Verurteilung. Die reformatorischen Ideen Commanders erhielten durch die Ilanzer Disputationen eine weite Verbreitung. Ilanz blieb in der Folge eine reformierte Stadt.
1538 kauften sich Ilanz und die Gruob von ihrem Grundherrn, dem Bischof von Chur, los.
